Teknik Dasar Sidik Jari DNA

Sidik jari DNA berdasarkan pada deteksi fragmen terpotong dengan hibridisasi Southern dengan urutan seperti ditunjukkan pada gambar di bawah. Sampel DNA diisolasi dan dipotong dengan enzim restriksi Hinfl. Enzim ini mengenal 4 pasang basa (GANTC) sehingga frekuensi pengenalannya lebih besar. Hal ini berakibat fragmen yang dihasilkan berukuran kecil. Akan tetapi enzim ini tidak memotong di dalam minisatelit. Fragmen DNA yang dihasilkan dipisahkan dengan elektroforesis gel agarosa. Fragmen yang membawa minisatelit berukuran di atas rata-rata ukuran fragmen dan panjangnya sesuai dengan jumlah satuan sekuen terulang. Fragmen ini dipindahkan dan difiksasi pada membran dan diinkubasi dengan pelacak berlabel yang akan menempel pada daerah minisatelit pada membran sehingga terjadi hibridisasi spesifik. Langkah selanjutnya menghilangkan interaksi tidak spesifik antara pelacak-DNA. Pada hibridisasi dapat ditunjukkan dengan menggunakan label radioaktif. Metode ini menghasilkan pola sidik jari yang unik untuk setiap individu. Keberhasilan metode ini sangat tergantung pada isolasi sejumlah DNA tanpa terdegradasi. Untuk penggunaan tertentu seperti ilmu kehakiman, hal tersebut dapat merupakan masalah jika jumlah DNA yang tersedia sangat sedikit dan kualitasnya rendah. Dalam hal ini dapat digunakan teknik sidik jari DNA dengan mengamplifikasi daerah spesifik pada DNA yang disebut mikrosatelit dengan satuan pengulangan antara 2 - 5 pasang basa (simple tandem repeat, STR). Analisis dengan PCR pada daerah STR akan mengatasi masalah tersebut.


Proses sidik jari DNA dengan menggunakan pelacak multilokus. DNA diisolasi dari sampel darah yang kemudian dipotong dengan Hinfl dan dielektroforesis pada gel agarose 0,5%. Fragmen DNA dipindahkan pada membran nilon dan dihibridisasi dengan pelacak misalnya 33.6 yang berlabel radioaktif kemudian ditempeli dengan film maka akan muncul pita-pita (diadaptasi dari Anonim, 1987).


Pustaka
Bioteknologi Kesehatan Oleh Prof. Drs. Sudjadi, Apt.,MS.,Ph.D